Nació en Buenos Aires el 23 de
Noviembre de 1794. Fueron sus padres Jacobo Adrián Varela, español, y
Encarnación San Ginés, porteña. Estudió en el colegio Monserrat de
Córdoba, al cual fue enviado por sus padres para que hiciese la carrera
eclesiástica. Pero no sería esa su vocación. Se graduó de bachiller y
en cánones en la Universidad de Córdoba en 1816. Dio evidencias de su
ingenio poético desde joven, recordandose, por su agudeza, la sátira
festiva escrito con motivo de un tumulto estudiantil.
La primera parte de su labor poética tiene un espíritu marcadamente
sentimental. En 1817 escribió en Córdoba su poemita Elvira,
relato autobiográfico, a los que siguieron otras producciones de
tono amatorio. En 1818 celebra con un Canto la victoria de Maipú;
ensalza a San Martín, a Balcarce y a Las Heras. Escribe también una
elegía En la muerte del excelentísimo señor General Manuel Belgrano
(1820).
Al trasladarse a Buenos Aires, lo cual ocurrió en 1820, cambió el
sentido de su vocación literaria, distinguiéndose en la poesía lírica
de acento elevado y conceptualismo trascedental.
Tales fueron sus cantos A la libertad de Lima (1821), A la paz,
A mi lira y su Oda a los Trabajos Hidráulicos, que le
encomendara Rivadavia, en la que exterioriza con estilo majestuoso
sentimientos delicados. La gloria de Buenos Aires (1822), La
corona de mayo (1823), El triunfo de Ayacucho (1825), etc.
En la oda Profecía de la grandeza de Buenos Aires, ensalza
la obra rivadaviana como también en otras composiciones inspiradas en las
iniciativas del gran reformador.
Su Canto a la batalla de Ituzaingó, mereció los honores de la
traducción al inglés. Escribó también dos tragedias: Argía,
trabajos altamaente valorados y Dido, dramatización del cuarto
libro de la Eneida no exentas de armoniosa versificación. También
tradujo al castellano los primeros cantos de la Eneida.
Durante el gobierno de Martín Rodríguez ocupó un cargo burocrático,
que abandonó en 1822 para tomar a su cargo la redacción de El
Centinela, desde cuyas columnas defendió la reforma eclesiástica
promovida por el gobierno.
Fue adicto amigo y colaborador de Rivadavia. Perteneció al Congreso
General de las Provincias Unidas del Río de la Plata, del cual se le
nombró secretario. Redactó Anton Peluca, El Pampero, El
Mensajero Argentino (1825-1827); El Granizo y El Porteño
(1827) y El Tiempo (1828-1829), todos editados en Buenos Aires. De
esta ciudad se alejó en 1829, tras la caída de Rivadavia para escapar a
las persecuciones, radicándose en Montevideo. En la expatriación, que se
prolongó hasta su muerte, escribió El Patriota.
Menéndez y Pelayo juzgó así la obra literaria de Juan
Cruz Varela: "Antes de 1824 se habrán hecho en Buenos Aires muchos
versos, pero no había aparecido un verdadero poeta. El primero que entre
los argentinos fue digno de ese nombre, el que representó allí
diganamente a la escuela clásica...fue Juan Cruz Varela".
Fue uno de los elementos más destacados del partido unitario. Era hermano
del doctor Florencio Varela.
Falleció en Montevideo el 23 de Junio de 1839.